Abarca de 1854 a 1876 y fue el periodo en que la generación liberal logró establecer de manera definitiva su proyecto de nación basado en el principio básico del liberalismo político: igualdad ante la ley, y logró separar, de manera definitiva, la iglesia y el estado.

El 1 de marzo de 1854 estalló la revolución de Ayutla, encabezada por los generales Juan Álvarez e Ignacio Comonfort en contra de la dictadura de Santa Anna. No fue un levantamiento más de los muchos que habían asolado a la República durante décadas; anunciaba el ascenso de una generación de hombres, nacidos durante la guerra de independencia o una vez consumado el movimiento, formados en institutos laicos que hacían contrapeso a la educación religiosa, pertenecientes a una incipiente clase media y que durante los siguientes 13 años, de 1854 a 1867, enarbolaron la bandera del liberalismo político, buscando construir una sociedad más igualitaria y justa, suprimiendo los fueros y privilegios del clero y del ejército.

La generación liberal fue encabezada por Benito Juárez que se rodeó de hombres con grandes prendas morales e intelectuales como Melchor Ocampo, Guillermo Prieto, Sebastián Lerdo de Tejada, José María Iglesias, Francisco Zarco, Ignacio Manuel Altamirano, Ignacio Ramírez, Ponciano Arriaga, entre otros.

Los liberales intentaban establecer su proyecto nacional frente al que los conservadores habían procurado impulsar desde la consumación de la independencia y que privilegiaba a la Iglesia, al ejército y a los propietarios.

La Constitución de 1857 fue la bandera de los liberales y significó un parteaguas en el siglo XIX. Sostenía la igualdad ante la ley, con lo cual acabó con los fueros y privilegios del ejército y el clero y reivindicaba las garantías individuales y los derechos políticos. Los constituyentes no pudieron establecer el principio de libertad de cultos, por la presión de los conservadores. Aún así, la iglesia –con una errónea lectura de los tiempos- se opuso terminantemente a ella y amenazó con excomulgar a todos aquellos funcionarios públicos que la juraran. La situación desembocó en un largo y costoso enfrentamiento armado.

De 1857 a 1861, liberales y conservadores se enfrascaron en la llamada guerra de Reforma; derrotados, los conservadores buscaron establecer un imperio con el apoyo de Francia y comenzó la guerra de intervención (1862-1867); en 1864 fue establecido el segundo imperio encabezado por Maximiliano y Carlota y en 1867 finalmente triunfó la República y el proyecto liberal. A partir de ese año, comenzó el periodo conocido como la República Restaurada (1867-1876), que concluyó con el ascenso de Porfirio Díaz al poder.

En términos políticos, el momento culminante de la era liberal fue la promulgación de las leyes de Reforma. La guerra llevó al gobierno liberal de Benito Juárez a establecerse en Veracruz y para darle un sustento jurídico a la lucha, en el mes de julio de 1859, el presidente Juárez expidió una serie de leyes donde establecía la separación definitiva entre el estado mexicano y la iglesia católica pues el clero se había involucrado demasiado en los asuntos políticos, económicos y sociales del país, olvidando su verdadera misión que era tan sólo la esfera espiritual de los creyentes. Juárez acusó al clero de promover y sostener la guerra apoyando a los conservadores por lo cual decidió poner un alto.

El 12 de julio de 1859 decretó la nacionalización de los bienes del clero, el 23 expidió la ley del matrimonio civil, el día 31 fueron secularizados los cementerios y el 11 de agosto se fijaron las fechas de las festividades religiosas. Poco después, se decretó la libertad de cultos. Esta legislación fue un parteaguas para México, pues hasta antes de ese momento todos los eventos sociales –nacimiento, matrimonio, muerte- estaban regulados exclusivamente por la iglesia.

Las leyes de Reforma le quitaron definitivamente el poder político a la iglesia y sentaron las bases del nuevo estado mexicano que se consolidaría una vez derrotado el imperio de Maximiliano.